Setiap sistem osmosis songsang akan tercemar dan memerlukan pembersihan. Kerana biasanya terdapat bukan sahaja satu bahan pencemar apabila pencemaran berlaku, proses pembersihan biasa biasanya merangkumi dua langkah: pembersihan pH rendah dan pembersihan pH tinggi.
Bahan pencemar yang berbeza harus dibersihkan dengan agen pembersih yang berbeza. Pembersihan alkali digunakan terutamanya untuk membuang mikroorganisma atau bahan pencemar organik, dan pembersihan asid digunakan terutamanya untuk menghilangkan kerak. Ejen pembersih hendaklah dipilih mengikut jenis bahan pencemar dan jenis membran untuk mengelakkan kerosakan membran.
Urutan penggunaan agen pembersih hendaklah ditentukan mengikut masalah sebenar. Urutan pembersihan biasa ialah mencuci asid dahulu, dan kemudian mencuci alkali.
Dalam sesetengah kes, jika pencemaran terutamanya bahan organik atau mikroorganisma, pencucian alkali boleh dilakukan terlebih dahulu, diikuti dengan pencucian asid, dan kemudian pencucian alkali.
Sebab penting untuk mengambil pencucian beralkali sebagai langkah terakhir ialah ia boleh membuka sepenuhnya liang membran selepas penjerukan, untuk memulihkan aliran pengeluaran air.
